После тщательного исследования показаний, на основании этих первоначальных 70 пунктов обвинения 2 апреля суд вычеркнул все обвинения в чародействе или колдовстве ( которые едва ли могли быть подтверждены ) и сократил количество обвинений до 12. В одном, связанном с ее верой в призраков, было отмечено : «Повсюду появляются мужчины и женщины, притворяющиеся, будто они имеют сношения с Господом и Его ангелами, и сеют ложь и заблуждения». Два основных обвинения были связаны с ношением мужской одежды и отказом принять воинствующую церковь. «В случае, если бы церковь захотела, чтобы она поступила вопреки тем распоряжениям, которые якобы были ей от Господа, она не смогла бы этого сделать». В этом отношении Жанна д'Арк была просто преждевременным протестантом.
     Отчеты по этим 12 пунктам были представлены на рассмотрение 16 докторам теологии и 6 лиценциатам права. Через три дня они объявили, что обвинения подтвердились. «Она выдавала себя за авторитет, за доктора, за магистра», — негодовали они. На основании этого заключения капитул Руанского собора объявил Жанну д'Арк еретичкой. 18 апреля 1431г. епископ и инквизитор убеждали Жанну д'Арк отречься. Она отказалась. Жанна заболела, но врачи вылечили ее, поскольку герцог Уорвикский заявил : «Король Англии слишком много заплатил за нее, чтобы отказать себе в удовольствии видеть ее сожжение !» Другая возможность отречься была предоставлена Жанной 2 мая в Руанском замке на официальной сессии перед 60 теологами. Жанна д'Арк настаивала на своем. 9 мая были приготовлены инструменты для пытки, но 12 мая судьи высказались против пытки, на том серьезном основании, что все судебное разбирательство было проведено тщательно, и не стоит давать повода для клеветнических измышлений о том, что ее признание было вынужденным.
     Чтобы ускорить казнь, кардинал-епископ Винчестера передал ее дело Парижскому университету. С 29 апреля по 14 мая 4 объединенных факультета Сорбонны обсуждали отчеты о ее суде. Ректор Пьер де Гонда вернул единодушно принятый вердикт ; если она не признается в своих заблуждениях, ее следует передать светским властям для казни. Данное решение было провозглашено в Руане 23 мая 1431г. Пьер Морис, руанский каноник, умолял Жанну д'Арк : «Предположим, что король Франции своей властью доверяет тебе защиту некоего места, предупредив тебя, что никто ни под каким видом не должен войти. Некто говорит, что он пришел с соизволения короля, не представляя тебе никакого письма или определенного знака. Ну как, должна ли ты поверить ему и пустить его ? Подобным образом Господь наставлял святого Петра и его преемников. ...Следовательно, ты не должна была доверять тем, кто, как ты говоришь, появился перед тобой. Подчинись церкви и отдай себя в ее распоряжение».
     На все подобные обращения Ж. отвечала : «Несмотря на то, что я уже говорила о моих поступках и словах на этом суде, я настаиваю на своей позиции и хочу подтвердить ее. Даже если бы я увидела, как зажигают огонь, хворост воспламеняется, и палач готов начать сожжение, и если бы я сама была на этом костре, я не смогла бы сказать ничего другого».
     24 мая 1431г. на кладбище Сен-Уэн в Руане в присутствии английского кардинал-епископа Винчестера и епископа Норвича, множества признанных клириков и адвокатов, Гильом Эрар, ректор Парижского университета, произнес проповедь, взяв за основу слова евангелиста Иоанна «Кто не пребудет во Мне, извергнется вон, как ветвь, и засохнет; а такие ветви собирают и бросают в огонь, и они сгорают» ( Иоанн, 15, 6 ). Палач был готов воплотить эту метафору в жизнь. Неожиданно Ж. пожелала произнести предсмертное обращение к папе и затем сдалась, пообещав отказаться от своих видений и войти в лоно церкви. Английские солдаты впали в ярость от того, что жертва ускользала от них, и забросали камнями французских священников. Жанна д'Арк подписала поспешно составленное признание : «Я, Ж., называемая ла Пуселль [ Девственница ], раскаявшаяся грешница, после того, как я осознала глубину своего заблуждения, и благодаря милости Господа нашего вернулась в лоно святой церкви, признаюсь, чтобы все могли видеть меня вступающей в ее лоно непритворно и с чистым сердцем, что я раньше грешила, притворяясь, будто я имела откровения от Господа и ангелов, святой Екатерины и святой Маргариты. Я отрекаюсь от всех своих высказываний и поступков, которые не угодны церкви и хочу жить в союзе с церковью. Свидетельствую это собственноручно».
     В самом начале ее пожизненного заключения — «На хлебе печали и воде скорби» — не в церковной тюрьме, как она ожидала, английские охранники унесли ее женский наряд, который она сохранила, и заменили его мужским. В «Proces de rehabilitation», ставшем основой обвинительного процесса, говорится, что, возможно, она была принуждена надеть его, чтобы попытаться освободиться. Духовный суд, немедленно проинформированный о перемене ею одежды, осудил ее 28 мая как закоренелую еретичку. Жанна д'Арк отреклась от своего признания и настояла на том, что ее видения имели божественный характер.

рис. 1 : Отречение Жанной д'Арк от своих признаний, послужившее поводом осудить её как закоренелую еретичку и затем сжечь заживо. На правом верхнем поле переписчик пометил её фатальные слова "responsio mortifera". Приведённый на фотографии текст гласит : «На вопрос, о чем эти голоса говорили ей, Жанна ответила, что через святую Катерину и святую Маргариту Господь раскрыл ужаснейшую ошибку, которую она совершила своей изменой, согласившись отречься и отвести свое прежнее признание, чтобы спасти свою жизнь. Попытавшись таким образом спасти свою жизнь, она погубила себя. Также она сказала, что эти голоса говорили ей перед прошлым вторником, что она должна делать, и что должны сделать с нею к этому времени. Кроме того, она сказала, что голоса сказали ей, что, когда она будет на эшафоте перед народом, она должна с достоинством отвечать на все, что ей будет говорить капеллан. И Жанна сказала также, что он — лживый проповедник и обвиняет ее в совершении множества вещей, которых она не совершала. Наконец она заявила, что, если она скажет, что Господь не посылал ее, то погубит себя, поскольку правдой было то, что сам Господь направил ее». — Я подтверждаю выше записанное. Буагийом.".